Luonnonvärit perustuvat luonnosta peräisin oleviin raaka-aineisiin. Näitä ovat tyypillisesti antosyaani (E-163), beta-karoteeni (E-160a), karmiini (E-120), kupariklorofyllt (E-141) ja karamelliväri (E-150d). Näiden käyttö on säädetty EU:n väridirektiivissä ja ne mainitaan E-numeron kanssa tuotteen ainesosaluettelossa.